A Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetemen 22 intézet működik, melyek ellátják az oktatási, kutatási, művészeti és innovációs alaptevékenységeket campusokon átívelően. A MATE kutatási portfóliójában kiemelt fontossággal bírnak az agrár-, műszaki és élelmiszertudományok, a borászat és szőlőtermesztés, a kertészet, a környezet- és tájgazdálkodás, a megújuló energiagazdálkodás, az akvakultúra és környezetbiztonság, a genetika, növénytermesztés és -védelem, az állattenyésztés és a vadgazdálkodás, a tájépítészet, a vidékfejlesztés és a vízgazdálkodás.
Rektor közvetlen irányítása alatt álló szervezeti egységek:
Karcagi Kutatóintézet - intézetigazgató: Dr. Zsembeli József, karcag [kukac] uni-mate.hu
Szent István Campus székhellyel működő intézetek:
Akvakultúra és Környezetbiztonsági Intézet - intézetigazgató: Dr. Urbányi Béla, akvakultura [kukac] uni-mate.hu
Gazdaságtudományi Intézet - intézetigazgató: Dr. Popp József, gazdasagtudomany [kukac] uni-mate.hu
Genetika és Biotechnológia Intézet - intézetigazgató: Dr. Posta Katalin, genetika [kukac] uni-mate.hu
Környezettudományi Intézet - intézetigazgató: Csákiné Dr. Michéli Erika, kornyezettudomany [kukac] uni-mate.hu
Matematika és Természettudományi Alapok Intézet - intézetigazgató: Dr. Székely László, matematika [kukac] uni-mate.hu
Műszaki Intézet - intézetigazgató: Dr. Szabó István, muszaki [kukac] uni-mate.hu
Növénytermesztési-tudományok Intézet - intézetigazgató: Dr. Gyuricza Csaba, novenytermesztes [kukac] uni-mate.hu
Üzleti Szabályozás és Információmenedzsment Intézet - intézetigazgató: Dr. Zéman Zoltán, uzleti.szabalyozas [kukac] uni-mate.hu
Vadgazdálkodási és Természetvédelmi Intézet - intézetigazgató: Dr. Heltai Miklós, vadgazdalkodas [kukac] uni-mate.hu
Budai Campus székhellyel működő intézetek:
Élelmiszertudományi és Technológiai Intézet - intézetigazgató: Dr. Friedrich László, elelmiszertudomany [kukac] uni-mate.hu
Idegennyelvi Intézet - intézetigazgató: Dr. Veresné Dr. Valentinyi Klára, idegennyelv [kukac] uni-mate.hu
Kertészettudományi Intézet - intézetigazgató: Dr. Helyes Lajos, kerteszettudomany [kukac] uni-mate.hu
Növényvédelmi Intézet - intézetigazgató: Dr. Palkovics László, novenyvedelem [kukac] uni-mate.hu
Szőlészeti és Borászati Intézet - intézetigazgató: Nyitrainé Dr. Sárdy Diána, szoleszet.boraszat [kukac] uni-mate.hu
Tájépítészeti, Településtervezési és Díszkertészeti Intézet - intézetigazgató: Dr. Fekete Albert, tajepiteszet [kukac] uni-mate.hu
Testnevelési és Sport Intézet - intézetigazgató: Kovács Péter, testneveles [kukac] uni-mate.hu
Kaposvári Campus székhellyel működő intézetek:
Állattenyésztési Tudományok Intézet - intézetigazgató: Dr. Nagy István, allattenyesztes [kukac] uni-mate.hu
Élettani és Takarmányozástani Intézet - intézetigazgató: Dr. Kovács Melinda, elettan.takarmanyozas [kukac] uni-mate.hu
Neveléstudományi Intézet - intézetigazgató: Dr. Józsa Krisztián, nevelestudomany [kukac] uni-mate.hu
Rippl-Rónai Művészeti Intézet - intézetigazgató: Dr. Hatos Pál, muveszet [kukac] uni-mate.hu
Károly Róbert Campus székhellyel működő intézet:
Fenntartható Fejlesztés és Gazdálkodás Intézet - intézetigazgató: Dr. Bujdosó Zoltán, fenntarthato.fejlesztes [kukac] uni-mate.hu